Подобные вопросы, должны решать только бухгалтера. Лишь они знают, что лучше использовать - может 1с, может какую-то другую программу. Если же сомневаетесь, либо не хватает опыта, можете с этими бухгалтерами посоветоваться:
http://www.naka.ru/bukhgalterskie-uslugi , они оказывают мне услуги бухгалтерского сопровождения. У них цены по Москве самые нормальные, плюс опыт большой у специалистов, у каждого минимум лет по 10, причем именно в данной области. Я к ним уже не раз обращался, каждый раз всё делают четко и вовремя. Так что если будет желание, пообщайтесь с этими бухгалтерами. Они не только по поводу программы могут подсказать, но даже аудит проведут, если нужно, потому что опыт и квалификация позволяют.