Какая-то из фич видео не соответствует стандарту mpeg4 ну или просто декодер/парсер в плеере глючный. Можно использовать утилитку GSpot, чтобы сравнить проблемные клипы с беспроблемными. Контейнер тоже может делать такие проблемы, особенно если это .avi с так называемыми
rec lists.
Ну и прошивку в плеере обновить не помешает.